《祈念之樹》故事描述，青年直井玲斗因與前東家的糾紛而被捕，毫無背景也沒有後盾可依靠的玲斗，本以為逃不過入獄的命運，沒想到，一名律師帶著神秘委託前來。為了重獲自由，玲斗同意律師轉逹的條件——獲釋後願意遵從委託人的命令。

很快地，玲斗的案件順利解決，等著他的神秘委託人，竟是玲斗過世母親的異母姊姊千舟！千舟要求玲斗實現約定，遵從她的命令——成為神社管理者，守護巨大的神木。

玲斗本以為這份工作平淡無奇，沒想到神木樟樹的傳說似乎深植人心，許多心懷秘密的人們來向樟樹「祈念」，亦有人千方百計想要「知道那些秘密」。玲斗也因此開始發掘自己家族的過去，以及樟樹祈念的真相……