身為讓世界騷動的怪盜，用充斥著暗號的預告函以及誇張的詞藻，透過華麗表演偷出許多知名珍寶而博得人氣的「怪盜基德」。讓這位神出鬼沒的大怪盜誕生的人是……。江古田高中二年級學生，黑羽快斗。有一天，他在家中發現一個隱密的房間，得知了聞名世界的魔術師父親．黑羽盜一，居然就是在世間引起轟動的怪盜基德，而他被一個神秘的組織所殺害。為了找尋真相，快斗穿上盜一留下來的服裝，成為第二代怪盜基德，動身尋找盜一在找尋的「傳說的大寶石」，並追查「神秘組織」的真實身分…。

運用巧妙的技巧偷取眾多寶物的基德，這次的新目標是傳說的海藍寶石「海洋奇蹟」。執著於抓住基德，園子的親戚．鈴木財團的顧問鈴木次郎吉，用大寶石當誘餌向基德寄了挑戰書！回應挑戰的基德，完全不把次郎吉跟警備部署當一回事，本該像之前一樣華麗地偷走寶石，但此時柯南就像要解開他所有的手法一樣，展開了名推理！